イオとの死闘を制したダリルは、ジオン残党軍の一員として地球にいた。彼は奪われたサイコ・ザクの情報を得るための諜報任務に就いていたのだ。一方、新たな仲間と共に「サンダーボルト作戦」に参加したイオの前に、南洋同盟国境守備隊隊長を名乗るペール中佐が立ち塞がる。海中で、氷原で、密林で繰り広げられる、ジオン、

故事的舞台是在战争中被破坏的基地殖民地、飘荡着大量战舰的残骸的“Thunderbolt宙域”，宙域是对ZEON公国要塞“ABaoAQu”的补给道路，为了夺回宙域，地球连邦军和ZEON公国展开了激烈的战斗。地球连邦军的伊奥·弗莱明少尉等人乘坐GM204F，潜入Thunderbolt宙域，向狙击手发起了

近未来，被世人称为“美杜莎”的后天性细胞硬化症候群（ACIS）泛滥全球，被感染者经过30~60的潜伏期后，在短短的12天内就会病发身亡。死时全身石化，其状恐怖。由于没有任何的特效药和对峙办法，人类世界陷入一片末日般的恐慌之中。就在此时，科学研发企业维纳斯门宣称可通过冷冻睡眠的办法为人类保留生命的希望

这是，人类与超越人智的存在之间的诀别与共存的故事。社会上的大部分都交由名为hIE的人型机器人管理的世界。17岁的少年·远藤新人，某天与一台人型机器人·蕾西亚相遇，并与之缔结了主从契约。外表与人类一模一样的“那个物体”，是具备震惊世界性能的超高性能AI所诞生出来的，超越人智的五台人型机器人“人类未到产

在参拜母亲坟墓的回程途中，真嗣（绪方惠美配音）和葛城美里（三石琴乃配音）遭遇了第七使徒的攻击，关键时刻2号机势如破竹挫败对手，真嗣也由此结识了2号机的操纵者式波·明日香·兰格蕾（宫村优子配音）。与沉默寡言的绫波丽（林原惠美配音）不同，明日香自信张扬，甚至有些自大，在和真嗣相处的日子里，彼此闹出不少的